Leur intérêt écologique est très élevé puisqu’elles abritent de nombreuses espèces remarquables d’amphibiens, d’insectes et de plantes.
Les pratiques agricoles et pastorales modernes, particulièrement celles instaurées sur les secteurs de plaine et de plateau, tiennent peu compte de l’existence des mares et des multiples rôles écologiques et fonctionnels qu'elles assurent pourtant au sein des écosystèmes et des paysages. Depuis plusieurs décennies, elles sont considérées comme des espaces sans valeur économique et ont trop souvent été comblées ou utilisées comme lieu de décharge. La réduction du nombre de mares, quelles soient permanentes ou temporaires, en zone agricole et leur dégradation induite par l’utilisation des pesticides, sont les causes de la disparition et de la grande raréfaction de nombreuses espèces inféodées à ces petits milieux aquatiques.
Les mares et mouillères situées entre les bourgs de Cernay-la-Ville au nord et de Bonnelles au sud, comptent parmi les dernières mares du vaste plateau agricole de Cernay qui en abritait pourtant près de 230 il y a deux siècles environ (cartes des chasses royales). Alors qu'un grand nombre de ces points d'eau ont été comblés ces dernières décennies sur la plupart des plateaux agricoles avoisinants, le maintien de ce petit réseau de mares et mouillères leur confère aujourd’hui, en tant qu’habitat rare et menacé, une grande valeur patrimoniale. Leur intérêt écologique est à ce titre très élevé puisqu’elles abritent de nombreuses espèces remarquables d’amphibiens, d’insectes et de plantes.
Plusieurs espèces d'amphibiens se reproduisent dans ces points d'eau. Trois d’entre eux sont des espèces rares en Ile-de-France qui présentent ici des effectifs encore relativement importants. C’est le cas du Triton crêté (Triturus cristatus), espèce d’intérêt communautaire inscrite à l'annexe II de la Directive Européenne « Habitats » de la Rainette verte (Hyla arborea), également observée sur le site où elle est très abondante et surtout du Pélodyte ponctué (Pelodytes punctatus), petit crapaud devenu extrêmement rare en Ile-de-France (Seine-et-Marne et Yvelines), qui colonise ici les mouillères du plateau.
On trouve également dans ces mares plusieurs plantes aquatiques remarquables dont 3 sont protégées au niveau national et 1 au niveau régional. L’Etoile d’eau (Damasonium alisma), est une espèce pionnière qui se développe en bordure ou au fond des étendues d’eau non permanentes (dépressions où l’eau stagne en hiver et disparaît en été). Protégée au niveau national, la Damasonie étoilée est devenue particulièrement rare en Ile-de-France où ses dernières stations sont menacées en permanence du comblement ou du drainage de ces mares temporaires. Sur le secteur de Cernay, l’espèce est présente en populations denses mais ne se développe plus aujourd’hui que sur deux mouillères. Sa présence caractérise un habitat rare des eaux douces stagnantes : « les Dépressions humides à Etoile d’eau ». La Littorelle à une fleur (Litorella uniflora) est également protégée au niveau national. Elle caractérise également un habitat remarquable : « les grèves à Litorelle ou Pilulaire ».La troisième espèce protégée au niveau national, la plus fragile, est la Pulicaire annuelle (Pulicaria vulgaris). Connue sur une seule mouillère du plateau, elle n’a pas été revue depuis quelques années, victime de l’évolution des milieux (eutrophisation par les eaux riches en engrais, détérioration des mouillères…).
Il est intéressant de préciser que ces plantes rarissimes sont annuelles, et seul le labour régulier des mouillères leur permet de germer au printemps, en échappant à la concurrence des plante vivaces qui s’installent sur les mares permanentes.
De nombreuses autres espèces végétales rares et menacées sont présentes sur les mares et mouillères du plateau de Cernay comme la Menthe pouliot (Mentha pulegium), l’Oenanthe fistuleuse (Oenanthe fistulosa), la Limoselle aquatique (Limosella aquatica) …Au niveau de l’entomofaune, l’intérêt principal de ce réseau de mares est lié à ses populations d’odonates. Outre la diversité des espèces observées (21 espèces), il faut surtout signaler la présence de plusieurs espèces peu communes dont deux d’entre elles sont protégées en Ile-de-France. C’est le cas du Leste dryade (Lestes dryas) qui fréquente habituellement les mares forestières acides, et de l’Agrion mignon (Coenagrion scitulum) qui colonise les mares et étangs riches en végétation aquatique.
Certaines de ces mares, particulièrement riches, sont inscrites en ZNIEFF (Zones naturelles d’intérêt écologique faunistique et floristique).
Au moment de la réalisation de la charte du Pnr en 2008/2009, toutes les mares à fort enjeu écologique n’étaient pas connues et toutes n’ont pas pu être intégrées au plan de parc comme Site de Biodiversité Remarquable. Sur ce plateau agricole, c’est l’ensemble de ce réseau dense de mares (mares permanentes, mouillères…), en forêt et en contexte agricole qui doit être préservé.
